Tot i que ens centrem en el mar balear, no tot ell és igual. El fons marí presenta un relleu que afecta les diferents condicions a les quals es troben exposades les espècies animals i vegetals marines. Segons la presència de llum, nutrients, oxigen, salinitat i altres variables associades a cada zona del mar, podem distingir diferents hàbitats en les que es distribueixen les espècies.
A continuació, es mostra un diagrama de les principals àrees que es poden trobar al mar.

Fet per Ian Chico Rodríguez
Entre els ecosistemes més importants podem trobar:
A banda d’aquests ecosistemes, hi ha altres formes de classificar la vida marina, per exemple, segons a la profunditat a la qual es trobin, diferenciant les diferents regions batimètriques:
- Zona mesopelàgica/crepuscular: Aquesta zona comprèn la zona que es troba entre els 400 i 1000 m de profunditat. Es caracteritza perquè encara hi arriba una mica de llum de la superfície i els peixos tenen els ulls grans o generen bioluminescència.
- Zona batipelàgica/mitjanit: Aquesta regió es troba entre els 1.000 i 3.000 m de profunditat. Aquesta zona és completament fosca i amb altes pressions, de manera que els peixos són més tous.
El mar balear no arriba a superar els 3000 metres de profunditat a les planes abissals de Menorca i Sóller. Per altra banda, en mars i oceans més profunds es poden trobar més zones batimètriques:
- Zona abissal: Aquesta zona es troba compresa entre els 3.000 i 6.000 m de profunditat, regió que es caracteritza per ser completament fosca i amb baixes temperatures (4 °C). Els peixos d’aquesta zona no tenen estructures dures per suportar les altes pressions i tenen un metabolisme lent a causa de les baixes temperatures i la baixa disponibilitat de nutrients.
- Zona hadal/fosses oceàniques: Finalment, ens queden aquelles regions que es troben per sota dels 6.000 m de profunditat, lloc on les condicions són extremadament dures per a la vida.