Actualment, les línes de recerca del Laboratori d’Arqueozoologia són:
- Orígen i desenvolupament de la domesticació animal.
- Bioarqueologia: Arqueologia i Anàlisis Bioquímiques.
- Anàlisis Tafonòmiques i Taxomòmiques de fauna arqueològica.
- Anàlisis dels recursos litorals: moluscs.
- Gestió dels recursos animals a través de les restes arqueozoològiques.
- Ictioarqueologia.
- Actualització de les col·leccions de referència
- Anàlisis de la microfauna dels jaciments arqueològics.
- Adaptació de les noves tecnologies a l’anàlisi de la fauna arqueològica.