Les commentaires d’Arnau de Vilanova proviennent de ses années d’enseignement à Montpellier. En effet, les cours médiévaux consistaient à lire et à commenter l’œuvre d’une autorité (lectio), à partir de laquelle le professeur posait des questions et y répondait (quaestiones). Ses commentaires démontrent qu’il s’est concentré sur des textes traditionnels de l’enseignement médical (Hippocrate), mais il en a également introduit d’innovants. Effectivement, il commente d’abord des œuvres de Galien bien connues en Europe latine (le Tegni) et le Regimen acutorum morborum d’Hippocrate, aujourd’hui perdues. Toutefois, il porte ensuite son attention sur des œuvres essentielles du nouveau Galien, telles que le De ingenio sanitatis, le De morbo et accidenti et le De malicia complexionis diverse. Sur les trois, le seul à avoir été conservé avec certitude est le dernier. Nous devons la conservation de certains de ses commentaires à des copistes, probablement étudiants, qui les retranscrivirent et les firent circuler, car Arnau était réticent à l’idée de les rendre publics.
- Repetitio super Vita brevis (« Leçon sur la vie brève », 1301) : le premier aphorisme d’Hippocrate, qui commence par Ars longa,vita brevis (L’art est long, la vie est brève), n’est que le point de départ d’une exposition personnelle visant à défendre que l’expérience médicale doive être mise en parallèle avec la raison et les autorités afin de pouvoir approfondir les connaissances reçues grâce aux résultats de sa propre recherche. Il semblerait qu’il s’agisse d’une série de leçons recueillies, sans une révision finale, par un anonyme rédacteur qui se dénomme lui-même ego scriptor.
- Tabula super Vita brevis (« Tableau sur ‘La vie brève’ »), également sur le premier aphorisme d’Hippocrate, il s’agit d’un guide simple et très utile sur le diagnostic et les soins aux patients.
- Expositio super isto amphorismo Ypocratis: in morbis minus… Le commentaire du trente-quatrième aphorisme (de la deuxième section) reprend celui que fit Galien, « le premier qui supprime l’ambiguïté et précise l’intention des paroles d’Hippocrate ».
- Commentum super tractatum Galieni “De malitia complexionis diversae” (entre 1292 et 1295), le commentaire du traité de Galien sur la complexion pathologique déséquilibrée sert à Arnau à initier ses étudiants au concept de complexion pathologique, un aspect central du galénisme. À partir de cette notion, il poursuit avec la méthode curative comme application pratique pour les futurs médecins en donnant pour exemple l’abcès chaud (inflammation), comme processus localisé, et les fièvres, comme processus général.
- Commentum super De morbo et accidenti: Il est documenté qu’il a commenté cette œuvre de Galien sur les maladies et les symptômes au cours de ses premières années d’enseignement à Montpellier. Une copie d’un commentaire attribué à Arnau a été conservé. Néanmoins, l’analyse du contenu n’a à ce jour pas permis d’établir avec certitude qu’il soit authentique ou qu’il n’ait pas été réécrit par un autre maître de Montpellier.