Entre 2003 i 2022, IFMuC ha comptat amb el suport diversos projectes de recerca MiCInn/MinEco atorgats al grup de recerca (SGR) Patrimoni Musical de Catalunya (PatMuC) de la UAB. Aquests ajuts han permès sufragar les diverses despeses d’infraestructura, publicacions, dietes i viatges del projecte.
Entre 2006 i 2010 la Subdirecció General d’Arxius del Departament de Cultura i Mitjans de Comunicació de la Generalitat de Catalunya va col·laborar en la subvenció de tasques de descripció dels fons musicals que es trobaven en procés de tractament per part del projecte, alhora que patrocinà l’edició dels cinc primers catàlegs impresos.
A partir de 2018, l’IFMuC s’integra en el programa «Fontes Musicæ Cataloniæ: catalogació, edició i difusió dels repertoris compositius, iconogràfics i de tradició oral de Catalunya (1450-1950)», de la Secció Històrico-Arqueològica de l’Institut d’Estudis Catalans, i participa en la coordinació del portal Fontes Musicae Cataloniae de la mateixa institució.