Las investigaciones de Martín Aranguren buscan explicar desigualdades macro-sociales en base a mecanismos micro-sociales que operan al nivel de la interacción social. Su tesis de dotorado propuso un acercamiento original para estudiar la dinámica de las emociones en el contexto de las relaciones interpersonales. En base a experimentos de terreno, su trabajo más reciente investiga la discriminación cotidiana en los espacios públicos urbanos. Actualmente preparat un programa de investigación multi-método sobre la contribución de la discriminación a las desigualdades de salud mental. Sus trabajos han sido publicados, entre otros, en el British Journal of Sociology, en Research on Social Stratification and Mobility y en el Journal of Ethnic and Migration Studies.