Con el fin de garantizar una gestión eficiente del proyecto de acuerdo con las actividades programadas en los Work Packages, se diseña la estructura de la organización y de la gestión económica con dos dinámicas:
- Una centralizada a partir universidad coordinadora (el Instituto de Estudios del Trabajo, de la Universitat Autònoma de Barcelona, que asume el liderazgo del proyecto y asegura la homogeneidad de la actividad de la red, a través de la actuación del Coordinador Principal y del Task Manager, junto a la subcoordinación del Departamento de Sociología de la Universidad Pablo de Olavide.
- Otra participativa y deliberativa entre iguales a partir de la Comisión Académica, como órgano máximo responsable de la dirección y gestión del desarrollo científico del Proyecto INCASI2, y los Grupos de Investigación Temáticos (TRG), subgrupos de proyecto general dedicados específicamente a la investigación en cada uno de los 6 ejes temáticos.
