En el De intentione medicorum Arnau de Vilanova pone las bases de su epistemología médica al plantearse si la medicina es una ciencia (scientia) o una técnica (ars) y qué diferencias hay entre los objetivos del médico y los del filósofo natural. Este tratado es el que aborda más extensamente esta cuestión, pero la misma posición puede rastrearse, desde un principio, en otras de sus obras. El punto de partida inmediato parece ser la distinción de Avicena de la doble vía de la verdad (la filosófica y la médica), aunque no reconoce explícitamente su influencia. En cambio, cita a Galeno, al que Arnau interpreta en ese sentido. La conclusión de Arnau es que el médico es un técnico práctico que se guía por los sentidos (artifex sensualis et operativus) y por lo tanto debe centrarse en el conocimiento de los particulares perceptibles que sean útiles para la curación, dejando de lado aquello que lo distraiga de su objetivo, en contraste con el filósofo natural, que busca la comprensión general de los procesos naturales y su causa primera. Ejemplo de ello es la concordancia sobre el número de los miembros principales entre Aristóteles, para quien solo es el corazón, y Galeno, según el cual, además del corazón, lo son también el hígado, el cerebro y los testículos, ya que todos estos órganos alojan facultades naturales que se corresponden (respectivamente vitales, nutritivas, animales y generativas). Mientras que Averroes solo acepta la verdad de Aristóteles, Arnau pretende conciliar ambas autoridades: por un lado reconoce que el corazón es el principio remoto de todos los procesos, pero por otro lado señala que para el médico es más útil la interpretación de Galeno, puesto que ha de buscar con los sentidos la causa de los trastornos en el órgano que los sufre en cada caso (el principio próximo); en cambio, si siguiera el criterio del filósofo, siempre tendría que tratar el corazón, en vano. Según señala Arnau, una de las posibles vías para obtener el conocimiento sensible es la disección, pero con los vivos esta no es posible y debe inferirse el estado de los órganos a partir de la observación de la salud de las virtudes. ¿Quiere decir esto que Arnau practicaba la disección en Montpellier? No se sabe a ciencia cierta, pero sería posible, ya que consta que Henri de Mondeville hizo una demostración anatómica pocos años después, en 1304.
Este “instrumentalismo médico” arnaldiano (McVaugh) aleja la medicina tanto de la especulación teórica como del empirismo antiintelectual. Arnau, quien consideraba la medicina como una ars, identificaba por lo contrario la concepción de la medicina como una scientia con el averroismo médico. Ello podría ser el motivo, aunque no el único, para los ataques a Averroes que se hallan en el De intentione medicorum y en otras obras suyas.
Sin embargo, años después, en el Speculum medicine (c. 1308), Arnau pasa a considerar la medicina como ciencia en la definición que da de esta a partir de la de Avicena: medicina es la ciencia que busca conocer las disposiciones del cuerpo humano como cuerpo sanable, conservar la salud que ya tiene o recuperar la que ha perdido en cuanto sea posible. A partir de aquí divide la medicina en dos partes: la teórica y la práctica. Mientras que la medicina teórica estudia las disposiciones del cuerpo sanable en la medida en que es necesario para llevar a cabo su tarea, la práctica muestra la manera correcta de actuar según las necesidades de las disposiciones dadas a conocer por la teórica.
Ilustración: Disección en la Facultat de Medicina de Montpellier, folio de La Grande Chirurgie de Guiu de Chaulhac (1363), Faculté de Medecine, Montpeller, Musée Atger, ms. H 184, f.14v.