Un conjunto de factores diversos contribuyeron a crear la leyenda de un Arnau de Vilanova experto en artes ocultas. Tuvo un papel decisivo el profetismo apocalíptico de algunos de sus escritos espirituales, y en general su heterodoxia religiosa, que le originó conflictos con la Inquisición en vida y la condena póstuma de su obra espiritual. Otra causa fue su interés por la aplicación médica de la astrología y la magia natural.
El mito de Arnau, como cualquier mito, se formó progresivamente en un proceso complejo: se inició en el siglo XIV y llegó a su cénit en el siglo XVI. A lo largo de los trescientos años en que se desarrolló la leyenda arnaldiana se pueden distinguir tres tradiciones básicas ligadas a las artes ocultas: la vinculada con la nigromancia, la alquímica y la derivada del profetismo escatológico. Además, también se transmite a menudo la imagen de un médico empírico, lejos del galenismo que profesó.
Arnau nigromante
Entre las calumnias que circulaban sobre Arnau ya en vida, según denuncia él mismo en el Raonament d’Avinyó (1310) había las de nigromante y hechicero. Por lo tanto, el mito como maestro de las artes ocultas parece tener origen en la imagen de Arnau que daban los detractores coetáneos de sus opiniones religiosas. A dicha fama debieron contribuir las sospechas de la complicidad de Arnau en el presunto envenenamiento del Papa Benedicto XI por parte del franciscano Bernat Deliciós, reflejadas en las actas del proceso contra este (1319). En realidad, todas estas sospechas son infundadas, ya que la defunción del pontífice, en 1304, se debió a muerte natural.
Arnau alquimista
Su fama de alquimista, por la que llegó a ser considerado uno de los autores fundamentales de la alquimia medieval, con un extenso corpus alquímico atribuido, fue muy precoz. Se pueden destacar los siguientes hitos:
- A mediados del siglo XIV el canonista Giovanni d’Andrea hace constar que Arnau había conseguido fabricar unas varillas de oro.
- A final del siglo XIV Arnau aparece como un prototipo de alquimista en uno de los Cuentos de Canterbury de Chaucer.
- La leyenda dice también que Ramon Llull, a quien también se atribuye falsamente un cuerpo alquímico, se habría convertido a la verdad de la alquimia tras su encuentro con Arnau.
- Además de la fabricación de oro, el otro gran logro alquímico legendario de Arnau habría sido la creación de un hombre artificial u homúnculo. El teólogo Alonso de Madrigal, el Tostado (1400‑1455), narra el episodio en el cual Arnau crea un ser humano artificial en un vaso pero no se atrevió a llevar la creación hasta el final por miedo a ser visto como un usurpador del poder de Dios.
Arnau profeta
Sin duda la parte de la aportación espiritual de Arnau que dejó una huella más duradera fueron sus profecías apocalípticas, por el escándalo que representó y porque eran fáciles de ridiculizar, y en cambio se olvidó lo principal de su mensaje: la necesidad de reformar la Iglesia. Esta distorsión llega a su grado máximo cuando, en torno al 1500, Giovanni Pico della Mirandola y, con él, Symphorien Champier se burlan de Arnau por haber predecido la llegada del Anticristo y un fin del mundo que no llegaron a suceder y atribuyen al profetismo arnaldiano una base astrológica que no tiene fundamento.
Arnau mago
Las tres tradiciones convergieron en el renacimiento en una imagen de Arnau arquetípica del médico-mago que dominaba una amplia diversidad de saberes -medicina, teología, filosofía, astrología, magia y alquimia- y de lenguas -latín, griego, árabe y hebreo-, no solo porque una figura así encajaba en el ideal neoplatónico del sabio completo, sino también porque la mayor capacidad difusora de la imprenta facilitó el acceso a los textos que transmitieron las distintas tradiciones y al conjunto del corpus arnaldiano. En la época moderna Arnau llegó a ser un personaje elogiado y denostado en las controversias entre los partidarios y los críticos de la magia, la astrología, la alquimia y el paracelsismo.