A Montpellier, durante questi anni, influenzato dalle idee delle correnti riformiste –i francescani spirituali guidati da Pèire Joan Oliu-, con i quali entra in contatto, e stimolato da una profonda esperienza religiosa, Arnau de Vilanova scrive le sue prime opere teologiche.
Almeno dal 1297, Arnau de Vilanova, nonostante risieda a Montpellier, è medico di Giacomo II e, dopo il suo matrimonio con Bianca d’Angiò, si prende cura anche della sua salute e di quella dei loro figli. Successivamente il re lo nomina suo consigliere e gli incarica varie missioni. Così, nel 1299 è mandato a Parigi per negoziare con Filippo il Bello la restituzione della Valle di Aran. Arnau de Vilanova approfitta del suo soggiorno a Parigi per divulgare nella Facoltà di Teologia idee apocalittiche, ed è denunciato dai teologi all’Ordinario. Di conseguenza, iniziò un processo inquisitorio e Arnau de Vilanova dovette passare alcuni giorni in carcere. Fu scarcerato solo dopo aver pagato un’elevata cauzione. I fatti di Parigi, segneranno i successivi anni della sua vita. Il 1301 Arnau si reca alla corte papale di Anagni e alla fine il processo inquisitorio fu interrotto dal pontefice Bonifacio VIII: disapprovò l’opera di Arnau de Vilanova, lo detenne e lo fece abiurare, ma ridusse la gravità delle proposte apocalittiche arnaldiane affermando che si trattava di semplici speculazioni accademiche (dicta scholastica). Gli consiglia di dedicarsi alla medicina e di lasciare perdere la teologia. Il fatto è che Bonifacio VIII, che soffriva di coliche renali acute, era molto interessato al sapere medico di Arnau de Vilanova. Diventò il medico principale del Papa e lo liberò dal dolore con una cura che comprendeva un sigillo astrologico e che gli scrisse in un opuscolo che oggi è andato perduto.
I fatti di Parigi sono state solo le prime scaramucce di una polemica che sarebbe durata fino al 1305. Alcuni professori parigini reagirono positivamente (come Jean Quidort), altri negativamente (come Pèire Cros) all’annuncio dell’imminente venuta dell’Anticristo annunciata da Arnau de Vilanova. Dopo i teologi parigini, prendono l’iniziativa i domenicani: Bernat de Puigcercós (Girona, 1302-1303), Joan Vigorós (Marsiglia, 1304) o Martín de Ateca (Barcellona, 1304-1305). Scambiano con Arnau de Vilanova opere di qualsiasi tipo, denunce, controdenunce che presentano alle autorità ecclesiastiche. Per Arnau sono anni di trambusto, inquietudine, di paura. Per evitare di essere criticato o che siano tergiversate le sue affermazioni, confessa pubblicamente il suo pensiero davanti ai vescovi e agli abati della Tarraconense (Lleida, 1303) e il re Giacomo II (Barcellona, 1305) e presenta le sue opere ai Papi (Benedetto XI, Clemente V). La polemica è chiusa (almeno temporaneamente, dopo la morte di Arnau si riapre), quando Arnau de Vilanova presenta tutte le sue opere de evangelica veritate scritte fino al 1305 al Papa e Clemente V affida alla Santa Sede lo studio e l’esame di queste opere. Che in questo periodo il re Giacomo II stesse dalla parte di Arnau de Vilanova, lo dimostra il fatto che, quando l’inquisitore di Valencia, Guillamo de Cotlliure, scomunicò Gombau de Piles per possedere libri di Arnau de Vilanova, il re dichiarò che anche lui li possedeva e li leggeva.
