L’excavació estratigràfica de la naveta de Ses Arenes de Baix s’ha dut a terme mitjançant un sistema de registre per fotogrametria digital, tècnica emprada per primera vegada a Europa el 1995 durant la investigació arqueològica de la Cova des Càrritx
Aquest mètode consisteix en fixar una malla o quadrícula sobre el jaciment i projectar-la sobre les restes arqueològiques. Una cambra digital suspesa perpendicularment d’una “girafa” fotogràfica registra tot el procés d’excavació. Això permet ubicar espacialment totes les restes òssies i tots els materials arqueològics apareguts així com obtenir planimetries digitals de cada un dels conjunts excavats. Aquesta informació tridimensional resulta impresci ndible per al remuntatge dels materials i la reconstrucció posterior dels rituals funeraris .
Un cop finalitzats els treballs d’excavació en el mateix jaciment es durà a terme la flotació i el tamisat hídric del sediment de la cambra funerària que s’ha recollit en la seva totalitat. Aquest procés permetrà recuperar i estudiar les restes arqueològiques, antropològiques, faunístiques i botàniques d’escala mil·limètrica .